Si se comprende la trascendencia de la multiplicidad de misiones asignadas a la Prefectura Naval Argentina, se concluye en que éstas serían difícilmente viables en toda su dimensión, si el personal que la integra -su verdadero artífice- no estuviera imbuido de los principios fundamentales que emanan de su formación y en la que como complemento de lo profesional privan sólidos principios morales y por sobre ellos, las virtudes cristianas de Fe, Esperanza y Caridad.
La Prefectura -cuyos orígenes se remontan a las hispánicas Capitanías de Puerto- y que por lo tanto acompaña a la Patria desde su nacimiento bajo la advocación de Dios, fuente de toda razón y justicia, siempre ha estado profundamente impregnada de esos valores, en un marco de respeto y tolerancia hacia todas las creencias.
En ese contexto, a mediados de 1994 fue creada la Capellanía Mayor de la Institución, cuyos integrantes, con claros propósitos espirituales, dirigen su accionar hacia la formación cristiana del personal.
Amor a Dios, a la Patria, a la Institución, a su familia, al hogar, es una constante en la prédica de los capellanes de Prefectura.
Junto a la insignia de las dos anclas cruzadas, llevan a las más apartadas dependencias y a las poblaciones aledañas -desde el Iguazú y el Pilcomayo hacia el Norte, hasta el Beagle en el Sur- el símbolo de la Cruz cristiana.
Poco después de haber sido creada la Capellanía, merced a una disposición del por entonces arzobispo de Buenos Aires, cardenal Antonio Quarracino, se dispuso transferir temporariamente a la Prefectura Naval Argentina un predio cedido por la Corporación Antiguo Puerto Madero, donde desde 1996, se erige la iglesia "Nuestra Señora de la Esperanza" para la atención espiritual del personal de la Institución y en forma extensiva a la comunidad.