El primer Capitán de Puerto criollo del Río de la Plata nació en Buenos Aires el 23 de abril de 1777, estudió en el Real Colegio de San Carlos e ingresó en 1796 en la Academia Naval de El Ferrol, España, egresando como guardiamarina en 1800.
Destinado a Buenos Aires, fue designado Capitán de Puerto en 1806, teniendo destacada actuación durante las invasiones inglesas.
En su hogar junto a su esposa María Josepha Petrona de Todos los Santos, conocida como “Mariquita”, organizó importantes tertulias donde concurrieron las más influyentes personalidades de la época, discutiéndose allí los candentes problemas de la política y el comercio vigentes. En éstas y en las reuniones secretas de las que formó parte Martín, se gestaron los acontecimientos de nuestra independencia y delinearon las diversas tendencias de los grupos actuantes. Allí se ejecutó, por primera vez, el Himno Nacional el 25 de mayo de 1813, acontecimiento en el que, según fuentes orales de la época, estuvieron presentes entre otros, San Martín, Alvear, Cayetano Rodríguez, Blas Parera, Balcarce, Vicente López y Planes, etc. y que fue llevado al óleo por Pedro Subercaseaux.
Su adhesión a la Revolución de Mayo motivó su baja como alférez de fragata de la Armada Española y el 30 de Junio de 1810 la Junta Revolucionaria de Buenos Aires, a través del decreto firmado por el Dr. Mariano Moreno, lo nombra Capitán de Puerto, convirtiéndose en el primer Capitán de Puerto Patrio del Río de la Plata.
Su labor como Capitán de Puerto se extendió hasta 1815, debiéndose a su iniciativa el Reglamento para las Capitanías de Puerto de 1814. Ascendido a coronel en 1816 fue designado en una misión diplomática a los Estados Unidos. Falleció el 23 de octubre de 1819 de regreso a la Patria, siendo su cuerpo arrojado al mar.
En 2019 al conmemorarse los 200 años de su fallecimiento, el Presidente de la Nación Argentina decretó el ascenso “post mortem” al grado de prefecto general del Coronel D. Martín Jacobo José Thompson en reconocimiento a los valiosos servicios prestados a la Patria.