Sus orígenes se remontan a la creación del Registro Marcial, el 20 de agosto de 1813, al igual que el Archivo General del Ejército. Su existencia moderna comienza con la formación, en 1884, de la División III “Historia” del Estado Mayor Permanente. A lo largo del siglo XX experimentó diversos cambios de denominación y organización, pasando a ser División VII - Historia del Estado Mayor General del Ejército (1924), División Histórica y Geográfica del Ejército (1959), Dirección de Estudios Históricos (1961), dependiente de la Secretaría de Guerra primero y del Comando en Jefe del Ejército después y, finalmente Servicio Histórico del Ejército (1983). En el año 2000 pasó a depender de la recién creada Dirección de Asuntos Históricos del Ejército.

El Servicio Histórico del Ejército se encuentra emplazado en una construcción que originariamente fue la primera Casa de la Moneda Argentina, inaugurada en 1881. En 1979, dicho edificio fue declarado monumento histórico y transferido al Ejército Argentino. Desde ese entonces comenzó a funcionar allí el Archivo General y el Servicio Histórico. Sin embargo, no hay una relación sistemática entre ambos archivos. Por ello, en coordinación con el Programa de Modernización del Sistema de Archivos del Área de la Defensa, se fomenta la articulación entre los mismos.