El Programa forma parte de la Dirección Nacional de Programas y Proyectos y es coordinado por una Secretaría Ejecutiva y una Secretaría Técnica. Atendiendo a la necesidad de generar acciones transversales de la política de género al interior del sistema científico tecnológico, cuenta con una comisión asesora y se integra por una mesa de coordinación interinstitucional, una mesa de coordinación intrainstitucional y comisiones de trabajo.

Comisión asesora

La Comisión Asesora genera recomendaciones en aspectos conceptuales y técnicos relativos al Programa Nacional vinculados con su dirección estratégica, la mejora continua de la calidad y la efectividad del mismo.

Mesa de coordinación interinstitucional

Está integrada por representantes de los organismos que se encuentran bajo la órbita del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación y de los integrantes del Consejo Interinstitucional de Ciencia y Tecnología. Además cuenta con una representación del Ministerio de las Mujeres, Géneros y Diversidad.
Propone contenidos, acciones e instrumentos para garantizar la aplicación del programa al interior de los organismos.

Mesa de coordinación intrainstitucional

Está integrada por representantes de cada dependencia del Ministerio, promueve el correcto funcionamiento al interior del organismo al mismo tiempo que propone acciones para garantizar su implementación.

Comisiones de trabajo

Elaboran documentos e informes técnicos con avances y resultados de acciones que se proponen en el mismo espacio.