La Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT) fue creada en el año 1996, mediante el Decreto PEN N° 1660/96, en marco de una reforma del Sistema de Ciencia y Tecnología. El 20 de mayo de 1997 inició su actividad cuando los nueve miembros de su Directorio se reunieron por primera vez.

Comenzó a funcionar con los dos primeros Fondos financiadores: el Fondo Tecnológico Argentino (FONTAR) y el Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCyT) acompañados por dos unidades de apoyo: la Unidad de Control de Gestión y Asuntos Legales y la Unidad Funcional Financiero Administrativa (UFFA).

En 2004, con la sanción de la Ley N° 25.922 de Promoción de la Industria del Software, se puso en marcha un nuevo Fondo: el Fondo Fiduciario de Promoción de la Industria del Software (FONSOFT). A su vez, se incorporó otra unidad de apoyo destinada a promover la difusión de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación y divulgar las actividades de la Agencia: la Unidad de Promoción Institucional (UPI).

Dos años después, con el fin de consolidar la capacidad de gestión, el aseguramiento de la calidad, y la promoción y evaluación de los programas de financiamiento, creamos las siguientes unidades de apoyo: la Unidad de Gestión Socio Ambiental (UGSA), la Unidad de Sistemas Informáticos (USI) y la Unidad de Evaluación y Aseguramiento de la Calidad (UEAC).

En diciembre del 2007, se creó el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, para priorizar y jerarquizar las políticas de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. La Agencia se incorporó como organismo desconcentrado bajo el nuevo Ministerio.

En el año 2009, se creó el Fondo Argentino Sectorial (FONARSEC), a través del cual asumimos el diseño y la gestión de herramientas asociativas mediante la conformación de consorcios públicos-privados, con el objeto de mejorar la competitividad en varios sectores, contribuir a la solución de problemas diagnosticados y dar respuesta a las demandas de la sociedad, las empresas y el Estado.

La amplia cartera de instrumentos que dispone la Agencia ha sido resultado de un proceso evolutivo a través del cual se atendieron desafíos cada vez más complejos como el desarrollo de sectores económicos intensivos en conocimiento y la asociatividad entre empresas y centros de I+D.

Tras alojarse provisoriamente en una sede de la Universidad Nacional de Luján y luego en el tradicional edificio de Avenida Córdoba, la Agencia se ubica actualmente en el Polo Científico Tecnológico de Palermo que nuclea a los principales organismos nacionales de promoción y políticas de la CyT.

La Agencia recibe el acompañamiento de diversas fuentes de crédito externo que potencian los recursos del Tesoro Nacional. Desde el inicio, el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) financi+o estas iniciativas desde el inicio. Durante la última década se sumaron el Banco Mundial (BM), la Corporación Andina de Fomento (CAF) y el Banco Centroamericano de Integración Económica (BCIE) en su primera operación con la Argentina.

En el año 2020, la Agencia pasó a a ser un organismo descentralizado, con autarquía administrativa y funcional permaneciendo bajo la órbita del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación y cambió su nombre a Agencia Nacional de Promoción de la Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación (Agencia I+D+i).