Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el "Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS)", conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2, logró secuenciar más de 450 nuevos genomas de SARS-CoV-2 en Argentina.

Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.

En este caso, se secuenciaron 22 nuevos genomas virales de SARS-CoV-2 de pacientes de la Provincia de Córdoba, lo que asciende a un total de más de 450 genomas en nuestro país. De los casos, 15 tenían antecedentes de viaje al exterior y el período de análisis corresponde del 22 de marzo al 15 de abril, más algunos casos relevantes del mes de julio al momento del muestro. El trabajo buscó identificar los linajes virales que ingresaron a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas, así como identificar el origen de los brotes en la provincia, que podrían asociarse a brotes de circulación local.

Los laboratorios y centros de salud que aportaron las muestras fueron el Laboratorio Central del Ministerio de Salud y el Instituto de Virología “Dr.J.M.Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba. Para la selección de las muestras se siguió el criterio de identificar los linajes virales que ingresaron a las provincias a través de personas con antecedente de viaje a zonas afectadas, así como aquellos brotes que pudieran estar marcando la instalación de circulación comunitaria. Las 22 secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de muestras clínicas de pacientes con la COVID-19 de la provincia de Córdoba determinaron que pertenecieron al linaje B.1 (o sus (sub)linajes derivados), es decir, individuos con antecedentes de viaje.

Se observaron al menos 16 introducciones independientes del SARS-CoV-2 a la provincia de Córdoba y en casi todos los casos se pudo descartar una asociación con otras secuencias de Argentina. Esto es compatible con la información epidemiológica relevada provenientes mayoritariamente de individuos con antecedentes de viaje al extranjero.

Las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 obtenidas a partir de individuos infectados de distintos países han sido clasificadas, de acuerdo con cambios nucleotídicos y su agrupamiento filogenético, en dos linajes principales (denominados con letras A y B) y varios linajes internos (A.1-A.9 y sus subgrupos, o B.1-B.22 y sus subgrupos), según la última actualización.