La Subsecretaría de Puertos, Vías Navegables y Marina Mercante se destaca por ser la autoridad portuaria nacional y, como tal, tiene como tarea:

• Intervenir en la elaboración, ejecución y control de las políticas y planes referidos al transporte fluvial y marítimo.
• Entender en la elaboración, propuesta y ejecución de las políticas sobre concesión de puertos, servicios portuarios y mantenimiento de las vías navegables.
• Supervisar el control y fiscalización de los servicios de transporte fluvial y marítimo.
• Ejercer las responsabilidades y funciones de la autoridad portuaria nacional.
• Ejercer las facultades de supervisión respecto del funcionamiento de la Administración General de Puertos Sociedad del Estado.
• Coordinar los estudios para la actualización de la normativa vigente en lo referente a modalidades operativas, aptitud técnica de equipos, seguros, régimen tarifario y toda otra normativa vinculada a las acciones de su competencia.
• Elaborar los pliegos de bases y condiciones para llamados a concurso y/o licitaciones, así como también intervenir en los procesos licitatorios, para el otorgamiento de concesiones o contrataciones, que se efectúen con motivo de las acciones vinculadas al área de su competencia.
• Asistir en el contralor respecto de aquellos entes u organismos de control de las áreas públicas privatizadas o concesionadas de competencia de la Subsecretaría, cuando tengan una vinculación funcional con la misma.
• Participar, en el ámbito de su competencia, en la gestión y obtención de cooperación técnica y financiera internacional que países y organismos internacionales ofrezcan para el cumplimiento de sus objetivos.
• Participar en el ámbito de su competencia en todo lo atinente al Fondo Fiduciario Federal de Infraestructura Regional creado por la Ley Nº 24.855.
• Dirigir y Coordinar el funcionamiento de la Comisión de Coordinación Interjurisdiccional del Programa Hidrovía Paraguay- Paraná con el objeto de formar los criterios técnicos rectores a sostener por la Delegación de la República Argentina en el ámbito del Comité Intergubernamental de la Hidrovía Paraguay - Paraná.