El Instituto se creó el 22 de agosto de 2007 a través de la Ley 26.286, concretando el anhelo de la Prefectura de contar con un ámbito destinado a la formación continua, la capacitación y la investigación científica en temas de suma importancia para la sociedad, vinculados, a su vez, con el quehacer institucional.

A través del IUSM , el personal de la Autoridad Marítima argentina se forma en diferentes carreras de grado, tecnicaturas y especializaciones, dando cuenta del compromiso de la Institución con la educación como base para el cumplimiento de la misión de forma profesional y eficiente.