Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en el AMBA
Comprende CABA, Gran Buenos Aires y Gran La Plata. Próximamente estará disponible la versión extendida.
El Consorcio Proyecto PAIS -creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación- divulgó el último reporte (N°20 - parte A) de vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en el AMBA, que incluye CABA, Gran Buenos Aires y Gran La Plata. El informe reporta principalmente datos provenientes de la Semana Epidemiológica 13 (SE13) a la SE15 y analiza la evolución de las variantes de interés desde el inicio de la vigilancia a finales de 2020. Próximamente estará disponible la versión extendida de este reporte.
Ciudad Autónoma de Buenos Aires (CABA)
Se observó que las variantes 501Y.V1 (Reino Unido) y 501Y.V3 (Manaos) alcanzaron valores de frecuencia de detección del 27,1% para la variante 501Y.V1 (Reino Unido) y del 31,3% para 501Y.V3 (Manaos) en la SE15 (segunda semana de abril), en casos sin nexo epidemiológico con turismo.
Además, se observaron las mutaciones de interés epidemiológico E484K y L452Q en el 39,6% de los casos de esa semana. La mutación L452Q (compatible con el linaje C.37, recientemente descripto en Chile y Perú, e informalmente llamado “variante Andina”) se detectó en el 33,3% de los casos. La circulación de este linaje en CABA ha sido confirmada por la secuenciación de genoma completo de 20 muestras correspondientes a las semanas epidemiológicas previas.
Sólo el 2,0% de las secuencias de la última SE analizada (SE15) corresponden a virus que han circulado en la primera ola en la CABA.
Número de casos reportados por semana epidemiológica 2020-2021 desde el inicio de la vigilancia molecular de variantes de SARS-CoV-2. Se incluyen solamente casos provenientes de CABA que no presentaron antecedentes de viaje o contacto estrecho con viajeros; en casos con nexo epidemiológico entre sí, solo se consideró uno como representativo. Sobre las barras se muestra el número de muestras correspondiente a cada variante, mutación o secuencias no VOC. *En la semana 15 se incluye 1 muestra del 18/04 (corresponden a SE 16)
Frecuencia de variantes de SARS-CoV-2 y secuencias con o sin mutaciones de interés por semana epidemiológica. Se incluyen solamente casos provenientes de CABA que no presentaron antecedentes de viaje o contacto estrecho con viajeros; en casos con nexo epidemiológico entre sí, solo se consideró uno como representativo.
Gran Buenos Aires
Se observó que la variante 501Y.V1 (Reino Unido) mostró valores de frecuencia de detección del 11,5% y la variante 501Y.V3 (Manaos) del 26,9% en la SE15, en casos sin nexo epidemiológico con turismo.
Los casos con la mutación de interés L452Q mostraron un incremento desde la SE7 hasta alcanzar el 57,7% de los casos de la SE15. De las muestras de GBA con esta mutación detectadas en semanas previas, 49 fueron confirmadas por secuenciación de genoma completo como linaje C.37.
Sin embargo, la distribución variantes y mutaciones de interés epidemiológico entre las SE9-SE15 fue heterogénea dentro del GBA.
Sólo el 3,9 % de las secuencias de la última SE analizada (SE15) corresponden a virus que han circulado en la primera ola en el GBA.
Número de casos reportados por semana epidemiológica 2020-2021 desde el inicio de la vigilancia molecular de variantes de SARS-CoV-2. Se incluyen solamente casos provenientes del GBA que no presentaron antecedentes de viaje o contacto estrecho con viajeros; en casos con nexo epidemiológico entre sí, solo se consideró uno como representativo. Sobre las barras se muestra el número de muestras correspondiente a cada variante, mutación o secuencias no VOC. *En la semana 15 se incluye 1 muestra del 18/04 (corresponden a SE 16).
Frecuencia de variantes de SARS-CoV-2 y secuencias con o sin mutaciones de interés por semana epidemiológica. Se incluyen solamente casos provenientes del GBA que no presentaron antecedentes de viaje o contacto estrecho con viajeros; en casos con nexo epidemiológico entre sí, solo se consideró uno como representativo. *En la semana 15 se incluye 1 muestra del 18/04 (corresponden a SE 16).
Gran La Plata
Se observó que la distribución variantes y mutaciones de interés epidemiológico en las SE13 y SE14 indicó un claro predominio de la variante 501Y.V3 (Manaos) con 27/34 casos analizados (79,4%).
Número acumulado de variantes de SARS-CoV-2 y secuencias con o sin mutaciones de interés por región detectadas desde el inicio de la vigilancia activa de variantes. Los casos han sido desglosados en dos períodos, hasta SE8 y SE9 a SE15, momento en que se observa una tendencia de incremento en la frecuencia de las variantes y/o mutaciones de interés en las distintas regiones. Se incluyen solamente casos que no presentaron antecedentes de viaje o contacto estrecho con viajeros; en casos con nexo epidemiológico entre sí, solo se consideró uno como representativo. Sobre las barras se muestra el número de muestras correspondiente a cada variante, mutación o secuencias no VOC.
El Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación y el Ministerio de Salud trabajan coordinadamente en la vigilancia genómica de las nuevas variantes y los datos registrados se informan en el Sistema Integrado de Información Sanitaria Argentino (SISA).
Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.
Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.