El Organismo se creó el 1 de junio de 1987 a través de la promulgación de la Ley 23.511, gracias a la perseverancia de las Abuelas de Plaza de Mayo y a su lucha por encontrar una forma de realizar pruebas genéticas de filiación entre nietos y abuelos. Llegar a ello fue un trabajo sostenido, acompañado por abogados que colaboraban con los organismos de DDHH, miembros del gobierno y juristas cercanos al presidente Raúl Alfonsín.

Una mañana de 1979, las Abuelas leyeron en un diario de La Plata una noticia que les abriría puertas y les traería esperanzas en la búsqueda de los nietos nacidos en cautiverio. La nota hablaba de un análisis de sangre para establecer el vínculo entre un padre y un hijo. Así fue cómo se les ocurrió la idea de utilizar la genética para la identificación de sus nietos. Gracias al trabajo de prestigiosos científicos que buscaron responder a la pregunta de las Abuelas, se logró llegar a lo que se conocería más tarde como “Índice de Abuelidad”, un procedimiento que permite determinar la filiación de un niño en ausencia de sus padres, mediante el análisis de material genético de sus abuelos y abuelas. La ciencia había escuchado el reclamo de la sociedad y estaba dando una respuesta.

Surgiría en los años siguientes la necesidad de crear un banco como espacio de obtención, almacenamiento y análisis de las muestras genéticas que garantizara la conservación de los perfiles genéticos necesarios para la búsqueda. Desde su creación en 1987, por entonces dependiente del Poder Ejecutivo Nacional y con sede en el Servicio de Inmunología del Hospital "Carlos A. Durand" de la Ciudad de Buenos Aires, el BNDG desarrolló una base de datos apoyada en muestras genéticas y realizó miles de análisis en niños y niñas sospechados de ser hijos de desaparecidos. En 2009, a partir de la sanción de la Ley 26.548, pasó a funcionar como organismo autónomo y autárquico bajo la jurisdicción del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.

En estos 33 años ya restituyeron su identidad 130 nietos. Como sostiene la Dra. Herrera Piñero, directora del Organismo: “El trabajo de restitución de los nietos abre un espacio histórico en donde la ciencia se redime y recupera su función primordial al servicio de la humanidad. Con cada restitución, el BNDG asume también un rol social, poniéndonos a todos frente al espejo, interpelándonos respecto de nuestro pasado y nuestro futuro, cuestionando nuestra propia identidad y la de las próximas generaciones. Hoy en día hay ya dos generaciones que desconocen su identidad de origen. Los nietos y los bisnietos aún no recuperados de nuestras abuelas. A ellos seguimos debiéndoles una respuesta”.