En 1926 la Compañía Ferrocarrilera de Petróleo (COMFERPET) comenzó la construcción del edificio ante la necesidad de cubrir la asistencia sanitaria de su personal y familias, siendo inaugurado en 1931.

Esta primera edificación contaba con una capacidad de 15 camas para internación, enfermería, quirófano, laboratorio, farmacia, cocina y lavadero. Su primer médico y director fue el doctor Emilio Michaud, quien suplía todas las especialidades: era clínico, cirujano y partero.

La fundación
El 23 de junio de 1980, el ingeniero Pedro Cesar Brandi, presidente del directorio de Petroquímica Comodoro Rivadavia S.A. (ex COMFERPET) y el entonces jefe del Estado Mayor del Ejército, el general de división José Antonio Vaquero, acuerdan las bases sobre las cuales se concretara la transferencia gratuita, que petroquímica Comodoro Rivadavia realiza de su hospital ubicado en el kilómetro 8 del barrio Don Bosco en beneficio del Ejército Argentino.

El 1° de julio de 1980 se inaugura el nuevo hospital militar y el Batallón Logístico 9, dependiente de la IXna Brigada de Infantería, recibe el edificio y los cargos correspondientes hasta tanto sea designado el nuevo director del nosocomio.

El 14 de agosto de 1980, de orden del comandante de esa brigada, asume como primer director el mayor médico José Raúl Buroni, de especialidad cirujano general, quien se desempeña dos años en su cargo, para ser reemplazado en 1982 por el mayor médico Enrique Mariano Ceballos, especialista en Traumatología y Ortopedia.

El 16 de noviembre de 1981 se recibió la primera bandera nacional de guerra, donada por el director de Prensa Médica Argentina, doctor Pablo López, la cual hoy ostenta en su corbata las condecoraciones “Campaña de Malvinas”, “Pueblo de la provincia de Santa Fe” y “Trigésimo aniversario de la Gesta Nacional”.

En la Guerra de Malvinas
El 5 de abril de 1982 se le ordena al director del Hospital Militar Comodoro Rivadavia enviar todo el personal militar y material transportable a las Islas Malvinas a los efectos de organizar un hospital en Puerto Argentino. Se dispuso el traslado de 63 efectivos (10 oficiales, 26 suboficiales y 27 soldados), 30 camas y capacidad quirúrgica. El 10 de abril se ubicó en una antigua colonia de vacaciones, que nunca había sido habilitado por defectos en su estructura edilicia.

Posteriormente fue reforzado con personal de sanidad y material del Ejército y de las otras Fuerzas Armadas, denominándose Hospital Militar Interfuerzas (más conocido como Hospital Militar Puerto Argentino).

Hacia el final del conflicto, el hospital contaba con 122 efectivos, de los cuales 45 eran médicos, 4 bioquímicos, 2 farmacéuticos, 26 enfermeros y 25 soldados. Contaba con capacidad de radiología simple, laboratorio, seis mesas de operaciones, seis camas de cuidados intensivos, cinco camillas de reanimación y clasificación de heridos y capacidad de internación general de 70 pacientes, que fue llevada a 146 mediante el agregado de una tienda de campaña y la ocupación de una casa particular adyacente de dos plantas.

Este hospital asistió a todo el personal destacado en las Islas hasta el 21 de mayo, fecha de desembarco inglés en San Carlos, que cortó la línea de evacuación desde la Isla Gran Malvina.

En la actualidad
El 22 de mayo de 2014 el Concejo Deliberante de la ciudad de Comodoro Rivadavia sanciona con fuerza de Ordenanza Municipal número 11501/14: “Declarar como patrimonio cultural e incorporar al Hospital Militar en Circuitos Turísticos Culturales”.

Además desde 2016 el edificio forma parte del Registro de Bienes Protegidos por la Ordenanza número 12087/16.

Actualmente cuenta con los siguientes servicios: clínica médica, clínica quirúrgica, 15 camas de internación, laboratorio, odontología (operatoria dental, periodoncia, prótesis e implantes), cardiología (ecocardiograma, ECG y ergometrías), diabetología, psiquiatría, psicología, ginecología, neurología, electroencefalografía, traumatología, kinesiología, diagnóstico por imágenes (ecografía y radiología), podología, vacunatorio provincial y funciona la Junta Médica Guarnicional Comodoro Rivadavia.

También posee un helipuerto, un consultorio móvil para apoyo a la comunidad, dos ambulancias de alta complejidad y una de traslado.