Un modo de apreciar las tareas realizadas por la Prefectura, es mediante el conocimiento de sus ámbitos de actuación y el despliegue geográfico adoptado en consecuencia, factores que imponen modalidades particulares propias de cada entorno. En principio, interesa recordar que de acuerdo a su Ley General, la Prefectura actúa en mares, ríos, lagos, canales y demás aguas navegables destinadas al tránsito y comercio interjurisdiccional y los puertos sometidos a jurisdicción nacional; en la Antártida Argentina; las islas Malvinas y demás islas del Atlántico Sur, en las costas y playas marítimas y fluviales; en las Zonas de Seguridad de Frontera Marítima y en las márgenes de los ríos navegables.
En cuanto a los buques y según la misma fuente, le corresponde actuar sobre aquellos que se encuentren en aguas jurisdiccionales y respecto de los de bandera argentina que se hallen en mar libre o en puerto extranjeros, en todo lo referente a la policía de seguridad de la navegación, el ejercicio de la jurisdicción administrativa de la navegación y en general, en todos los casos que de acuerdo con el derecho internacional público, no sean de competencia del Estado jurisdiccional local. Dados estos ámbitos y las funciones que le impone la ley, la Prefectura estableció el consiguiente despliegue administrativo y operativo para materializar sus cometidos, fraccionando su jurisdicción territorial en 10 Prefecturas de Zona, cuyas características salientes se mencionan a continuación, como asimismo sus dependencias subordinadas.
PREFECTURA DE ZONA ALTO PARANA
En su jurisdicción se encuentran las Prefecturas de Posadas, Iguazú, Itá Ibaté, Ituzaingó, Libertador Gral. San Martín y Eldorado con sus Unidades subordinadas. La extensión de esta jurisdicción (frontera fluvial con Brasil y Paraguay), la exuberante vegetación y angostura del río, sumado a los tipos de ilícitos cometidos (contrabando, tráficos de drogas, inmigración ilegal, etc.) constituyen un escenario muy particular dentro del ámbito de acción de la institución.
PREFECTURA DE ZONA ALTO URUGUAY
Tiene dos escalones orgánicos de importancia, como las Prefecturas de Paso de los Libres y Santo Tomé, además de las Prefecturas San Javier, Monte Caseros, Yapeyú, Alvear y Garruchos con sus Unidades subordinadas. Por tratarse de un área fluvial fronteriza con Brasil y Uruguay su tarea predominante es la represión del tráfico ilícito de drogas y de mercancías de importación y exportación como asimismo el control migratorio.
PREFECTURA DE ZONA BAJO PARANA
Dentro de su jurisdicción, tienen asiento las Prefecturas de San Nicolás, Rosario, San Lorenzo, Santa Fe, Paraná, Villa Constitución, Diamante y la Paz, con sus Unidades subordinadas, necesarios para controlar el intenso movimiento de buques generado por la gran actividad de exportación de productos agrícolas y el transporte de combustibles líquidos. Un importante parque náutico deportivo y recreativo y la única ruta de tránsito fluvial de y hacia los puertos del Alto Paraná y Paraguay, son características de esta zona.
PREFECTURA DE ZONA BAJO URUGUAY
En su jurisdicción se encuentran las Prefecturas Concepción del Uruguay, Gualeguaychú, Colón, Concordia, Salto Grande y Federación, con sus Unidades subordinadas. Hay una intensa actividad náutica deportiva y de buques comerciales, areneros y pedregulleros. Por tratarse de un área fronteriza con Uruguay adquiere relevancia la represión del tráfico ilícito de drogas y el contrabando.
PREFECTURA DE ZONA DELTA
Está integrada por las Prefecturas San Isidro, Tigre, Campana, Zárate, Olivos, San Fernando, Escobar, San Pedro, Guazú Guazucito, Martin García y Paranacito, con sus Unidades subordinadas. Hay un importante tránsito de buques de ultramar, de cabotaje nacional e internacional y embarcaciones de pasajeros, destacándose el parque náutico deportivo más numeroso del país.
PREFECTURA DE ZONA LACUSTRE Y DEL COMAHUE
Abarca un área lacustre integrada por casi 80 lagos navegables situados en las provincias de Neuquén, Río Negro y Chubut, donde se desarrolla una importante actividad náutica deportiva y de placer con un gran movimiento de pasajeros que visitan la zona lacustre y los parques nacionales de la región. La alta sensibilidad ecológica del área, determina asimismo una atención particular a cargo de las Prefecturas de San Carlos de Bariloche y Del Comahue con sus Unidades subordinadas.
PREFECTURA DE ZONA MAR ARGENTINO NORTE
Desplegadas en su jurisdicción se encuentran las Prefecturas de Mar del Plata, Quequén, Bahía Blanca, Patagones, Puerto Madryn, San Antonio Oeste y Rawson con sus Unidades subordinadas. Son sus rasgos predominantes, el desarrollo de una importante actividad pesquera a través de los puertos de Mar del Plata y Madryn e importantes terminales cerealeras con puertos de aguas profundas en Quequén y Bahía Blanca y punto de salida de toda la producción frutihortícola del Alto Valle del Río Negro a través del puerto de San Antonio Este.
PREFECTURA DE ZONA MAR ARGENTINO SUR
La mayor actividad se concentra en las Prefecturas de Comodoro Rivadavia, Puerto Deseado, Río Gallegos e Islas Malvinas, Río Grande, Ushuaia e Islas del Atlántico Sur, San Julián, Santa Cruz, Caleta Olivia y Lago Argentino con sus Unidades subordinadas. Hay una importante actividad pesquera en Puerto Deseado y Punta Quilla y uno de los mayores movimientos de hidrocarburos del país a través de Comodoro Rivadavia. El puerto de Ushuaia, tiene gran importancia estratégica y constituye la última escala continental en la navegación hacia la Antártida.
PREFECTURA DE ZONA PARANA SUPERIOR Y PARAGUAY
En su ámbito jurisdiccional se encuentran las Prefecturas Corrientes, Formosa, Barranqueras, Pilcomayo, Reconquista, Goya, Paso de la Patria e Itatí con sus Unidades subordinadas; existiendo un intenso tránsito de buques comerciales hacia y desde Brasil y Paraguay. Al igual que toda el área fronteriza, la correspondiente a esta zona exige un permanente control migratorio y de vigilancia para prevenir y reprimir el tráfico ilícito de drogas y de mercancías de importación y exportación. Existe asimismo una creciente actividad de pesca deportiva.
PREFECTURA DE ZONA RIO DE LA PLATA
Tiene Prefecturas que se destacan: las Prefecturas de Buenos Aires, Boca del Riachuelo, Dock Sud, La Plata, General Lavalle, todas ellas con sus Unidades subordinadas, distribuidas a lo largo de su jurisdicción. El puerto de Buenos Aires, mediante buques de ultramar y cabotaje, absorbe un importante porcentaje del total de la carga general que se mueve en el país. Los puertos de Dock Sud y La Plata, especializados en productos químicos, hidrocarburos y derivados, adquieren relevancia por la concentración de medios para la prevención de siniestros.