El presupuesto del ENRE está determinado expresamente por la Ley 24.065 en los artículos 64, 65, 66, 67, 68 y 69. El artículo 64 señala que la gestión financiera, patrimonial y contable se regirán por las disposiciones de la ley de referencia, quedando sujeto al contralor externo que establece el régimen de contralor público. El artículo 65 establece el mecanismo que resguarda a los aportantes, ya que tienen la oportunidad de objetar fundadamente los proyectos de presupuestos.

El artículo 66 establece el origen de los recursos de la institución. El artículo 67 establece quienes y cómo se paga la tasa de fiscalización y control. Previendo la posibilidad de una insuficiencia en los recursos, el artículo 68 prescribe los mecanismos para salvarlos., a los que el artículo 69 agrega un recargo de intereses punitorios para los casos de mora en el pago de la tasa.